Z funduszy europejskich uzyskamy 82,5 mld euro, a rozdysponowanie takiej kwoty wymaga dużego zaangażowania i dobrej organizacji związanej z przyjmowaniem i rozpatrywaniem wniosków. Za całość systemu wdrażania i rozdysponowania funduszy europejskich jest odpowiedzialny Minister Rozwoju, który koordynuje poprawność i sprawny przebieg procedur związanych z założeniami Umowy Partnerstwa, z racji której uzyskujemy dotacje.
W Polsce został powołany specjalny Komitet do spraw Umowy Partnerstwa, który nadzoruje i kontroluje poprawność działań instytucji odpowiedzialnych za przyznawanie Funduszy Europejskich. W ramach tego Komitetu działają przedstawiciele instytucji odpowiedzialnych za kierowanie programami oraz członkowie samorządów i działacze społeczni. Za poprawność całego procesu przyznawania oraz nadzorowania funduszy odpowiada w Polsce szereg instytucji państwowych, które wyznaczane są odpowiednio dla każdego z przygotowanych programów.
Tutaj znowu organem głównym i odpowiedzialnym za spójne działanie jest Minister Rozwoju, a pod jego kierownictwem w ramach działań regionalnych działają zarządy województwa. Każdy powołany zarząd ma za zadanie ustalić zasady działania programu w danym regionie, ale także muszą kontrolować prawidłową realizację programu, ustalić warunki przyznania dotacji, sprawdzić zgłaszane wnioski pod względem poprawności i zawartych informacji, kontrolować czy uzyskane fundusze zostały prawidłowo zgodnie z założeniami wydane przez beneficjentów.
W ramach zarządu osoby ustalone do takich działań muszą także ocenić i na bieżąco śledzić realizacje uznanych projektów, czy wszystko idzie zgodnie z założeniami, następnie muszą potwierdzić przed Komisją Europejską zgodność wydatków pod względem obowiązujących przepisów prawnych polskich i unijnych. Wszystkie instytucje które biorą w tym udział, są odpowiedzialne za realizację i prawidłowe zarządzanie środkami finansowymi, a w ramach pomocy w działaniach mają do dyspozycji udział tzw. instytucje pośredniczące, którym może zostać przekazana część obowiązków i uprawnień związanych z wdrażaniem i nadzorowaniem projektów.
Natomiast instytucje pośredniczące mogą przekazać część swoich obowiązków instytucjom wdrożeniowym, które zazwyczaj już dosyć blisko współpracują z beneficjantami. Powołana została także Instytucja Audytowa, której zadaniem jest prowadzenie audytów systemu zarządzania i nadzoru projektami unijnymi. Przy każdym programie jest tez powołany Komitet Monitorujący, który ma szereg zadań, w tym m. in. kontrola nad realizacją programu oraz przyjmowanie warunków oceny i przyjmowania projektów. Wszystkie projekty w ramach Funduszy Europejskich są na bieżąco rozliczne i kontrolowane, a w przypadku nieprawidłowości, środki finansowe muszą być zwrócone.
